영화의 한계를 뛰어넘다. 샘 윗윅키 샤이아 라보프가 오토봇과 디셉티콘, 두 로봇 진영간의 치열한 싸움에서 우주를 구한 지 2년. 일상으로 돌아간 샘은 여자친구인 미카엘라 메간 폭스와 새 친구이자 수호 로봇인 범블비와 떨어져 대학에 진학하게 된다. 그러나 학교생활에 적응하며 평범하게 살고 싶은 샘의 희망과는 달리 운명적으로 또 다시 우주의 사활을 건 전쟁에 말려들게 된다. 샘은 알지 못하지만 오직 그만이 선과 악, 궁극의 힘이 펼치는 전쟁의 향방을 가를 열쇠를 가지고 있던 것이다. 희생 없이는 승리도 없는 법 마침내 샘은 윗익키 가에 전해 내려온 운명에게서 도망치지 않고 맞서 싸우기로 결심하게 된다. 인류를 위협하는 디셉티콘 군단과 인류를 보호하려는 오토봇 군단의 총력전! 지구의 운명을 건 거대한 전쟁...